Pers İmparatorluğu’nun sona ermesiyle kurulan Pontus Krallığı döneminde Caberia adıyla anılan Niksar; Sayfiye alanlarına pek çok tapınak, saray ve yerleşim birimi inşa edilmiştir. MÖ 72 yıllarında Romalılarla Pontuslular arasında cereyan eden Mithridat savaşlarının üçüncüsü Niksar’da yapılmış ve şehir Romalıların eline geçmiştir. Romalılar, şehre Neocaesarea (Kayser'in yeni şehri) adını vermiş ve Niksar ismi Neocaesarea'dan dönüşmüştür.Niksar, Romalılar döneminde ayrıca Diospolis, Sebaste isimleriyle anılmıştır. 1672 yılında Niksar’a gelen Evliya Çelebi ise Seyahatname’sinde Niksar ismi hakkında bilgilere yer vermiştir.