İlçe M.Ö. 2000 yıllarında Fenikeliler tarafından kurulmuştur.İlçenin ilk yerleşim yeri bu günkü ilçe merkezinin 1 Km . güneyinde bulunan Çamburnu'dur.Daha sonra yöreye Traklar yerleşmiştir.
Midilli ve Foça' dan gelen halk bu yörede koloniler kurmuştur.Eceabat'ta 12 Antik şehir bulunmaktadır.Akbaş ve Eskihisarlık arasında yerleşim merkezi olan Eceabat önemli bir liman şehridir. M.Ö. 465 yılında Trakya ile birlikte Eceabat Atina'ya bağlanmıştır. Hristiyanlık döneminde Pisko-posluk merkezidir. Bir süre sonra Katolonyalıların egemenliğine girmiştir. Bunun üzerine Bizanslılarla savaşa giren Katolonyalılar zor durumda kalınca Türkmen Beyleri olan Melih İshak ve Halil Ece Bey'den yardım istemişlerdir. Boğazı geçerek Katolonyalılara yardımda bulunan Melih İshak ve Halil Ece Bey'in 1311 yılında Bizanslılarla giriştikleri savaşta Halil Ece Bey şehit düşmüştür. Ece Bey bazı kaynaklarda Ece Halil bazı kaynaklarda da Ece Yakup olarak geçmektedir. Ancak Eceabat'a adını veren Ece Bey'in Ece Yakup olduğu bilinmektedir. Bu Türkmen reisi Orhan Gazinin oğlu Süleyman Paşa'nın yakın arkadaşlarındandır. Ece Bey 1356 yılında boğazı geçerek Eceabat ve yöresini ele geçirdi. Bundan birkaç yıl sonrada Gelibolu diğer Türkmen beyleri tarafından fethedildi. Ece Yakup Bey'e Eceabat ve Seddülbahir yöresi ile bunların arasında kalan topraklar tımar olarak verilmiş ve ölünceye kadar burada yaşamışlardır.
Eceabat 1884 yılında Edirne iline bağlı bir Bucak iken 1892 yılında İlçe haline getirilerek Belediye Teşkilatı kurulmuştur.1915 Çanakkale Savaşların sırasında İlçe Merkezi Yalova köyüne, daha sonra Kilitbahir köyüne nakledilmiş ise de 1 yıl sonra tekrar Eceabat'a getirilmiştir. Milli Harp tarihimizde önem arzeden 1.Dünya Savaşının kaderinin değiştirildiği 1915 Çanakkale Kara Savaşları Eceabat ilçesinde cereyan etmiştir. Kazandığımız Çanakkale Zaferinde 253.000 askerimiz burada şehit düşerek Türk Ordusunun cesaret ve kahramanlığını tarih sayfalarına bir kez daha altın harflerle yazdırmıştır.
1923 yılına kadar Merkezi Çanakkale olan Biga Mutasarrıflığına bağlı iken bu tarihten sonra Gelibolu Valiliğine bağlanmıştır.1926 yılında Gelibolu'nun İlçe haline getirilmesi ile her ikisi birden Çanakkale Valiliğine bağlanmıştır.