Medrese taçkapısında bulunan kitabeye göre, İlhanlı Hükümdarı Sultan Olcayto zamanında Gazanhan ve Bolugan Hatun adına, Cemaleddin Hoca Yakut Gazani tarafından Hicri 710 (milâdi 1310) yılında yaptırılmıştır.

Türkler'in Anadolu'ya gelişlerinden hemen sonra başlayan Anadolu'yu değişik amaçlı mimarî eserlerle donatma çabası bütün tarihi olaylara rağmen devam etmiş ve Selçuklu Dönemi geleneksel mimarî tarzı Yakutiye Medresesi'nde de sürdürülerek anıtsal bir yapı ortaya çıkarılmıştır.

Yapı dört eyvanlı kapalı avlulu medreseler grubundadır. Eyvanlar arasında hücreler yer almaktadır. Batı eyvanı değişik bir tarzda ele alınarak iki katlı inşa edilmiştir. Güney eyvanı mescit olarak planlanmış ve bu eyvanın her iki duvarına mermer vakfiye kitabesi yerleştirilmiştir. Orta avlunun üzeri mukarnaslı bir kubbeyle örtülmüştür. Doğu eyvanın bitiminde kümbet yer almaktadır. Kümbette mezar bulunmamaktadır.

Medresenin dışa taşkın taçkapısı ve iki köşesindeki minareleriyle kurulan denge, yapının bütününde de cepheye karşılık kümbet yerleştirilerek sağlanmıştır. Bu da mimarlığın Selçuklu Döneminde bilimsel metotlarla yapıldığını göstermesi bakımından önemlidir. Ancak köşelerdeki minarelerden biri şerefeye kadar, diğeri kaideye kadar yıkılarak üzeri konik külâhla kapatılmıştır.

Cephede yer alan bitkisel, geometrik motifler ve sembolik tasvirlerde de denge ve simetriye önem verilmiştir. Gerek taçkapısındaki ve hücre kapılarındaki süslemeler gerekse minaredeki çini süslemeler o dönemde, sanatta gelinen noktayı ve sanata verilen önemi göstermektedir.

Taçkapısının her iki yüzünde, silme kemerler içerisinde altta ajurlu bir küre, hayat ağacı, her iki taraftaki pars figürleri ve üstte çift başlı kartal, Selçuklu Döneminde dini inançların anlatımını da içeren ve bazı farklılıklarla değişik yapılarda karşımıza sık sık çıkan bir semboldür.