Kurulduğundan bu yana çağdaş bir yaklaşımla hareket eden İstanbul Sağlık Müzesi, bugün aynı anlayışla, sağlık konusunda etkin, sürdürülebilir, öncü bir kültür kurumu olma vizyonu taşımaktadır. Müzenin temel amacı; Sağlık, toplum, kültür, bilim ve sanat arasındaki diyaloğu güçlendirmektir. Düzenleyeceği sergiler ve eğitim etkinlikleri ile toplum için buluşma noktası, yaşam boyu eğitim merkezi olmayı ve toplumun tüm bireyleri için erişilebilir bir müze olmayı hedefler.

Türkiye'nin ilk sağlık müzesi olarak 1918 yılında kurulan İstanbul Sağlık Müzesi'nin amacı, halkı salgın hastalıklara karşı bilinçlendirmekti.Topluma salgın hastalıklar ve bunlardan korunma yollarını anlatmak için, yağlı boya tablolar, mulajlar, broşür ve kitapçıklar, maketler hazırlanarak müzede sergilendi. Hatta bu materyaller üretilip, ülkenin dört bir yanında başka sağlık müzelerinin kurulmasına öncülük etti. Gezici sergiler düzenleyerek, toplumla diyaloğunu geliştirdi. İstanbul halkının ve okullarının yakından takip ettiği müze, 1989 yılına kadar hizmet verdi.