Bağarası'nın, ismini bağlarla kaplı bir bölge olması ve Foçalıların Cumhuriyet'ten önce burada bağların bulunmasından dolayı aldığı bilinmektedir. Belde merkezi şimdiki yerine Cumhuriyet Döneminde geçmiştir. Daha önce merkezi "Camili Mağara" olarak bilinen, 2 Km kadar kuzeyindeki mevkide bulunuyordu. 1933 yılında, eski İzmir Valisi M. Kâzım Dirik zamanında köy statüsüne getirilmiş ve son olarak, 1989 Yerel Yönetim Seçimlerinde ise belediye olmustur. Osmanlı döneminden ve daha eski Persler ve Ionyalilardan kalma birçok tarihi yapı bulunmaktadır. Son donemlerde arkeolojik kazılar yapılmış ve birçok eser ortaya cikarılmıştır.