Hitit, Asur, Pers, Yunan, Helenistik, Roma, Bizans, Erken Arap, Haçlı, Ceneviz ve Memlük akın ve uygarlıklarına sahne olmuş ve sonuçta Sultan 1. Selim zamanında Mercidabık Savaşı (1516) ile Osmanlı topraklarına katılmıştır.Antik dönemde "Baias",daha sonra "Payas" adını alan yerleşim yeri, esas kimliğini O smanlı döneminde kazanmış, kitabesine göre, 1574 yılında yapımı tamamlanan ve devrin ünlü Sadrazamı Sokullu Mehmet Paşa (1564-1579) tarafından başmimar Sinan (1539-1588) ve Hassa Mimarlar Teşkilatı'na inşa ettirilen külliye ile önemli bir iskele ve konaklama merkezi hüviyeti kazanmıştır.

Mimar Sinan, başkent İstanbul dışında, gerek İstanbul'u Balkanlar ve Orta Avrupa'ya, gerekse Anadolu ve Yakındoğu'ya bağlayan askeri, sefer, kervan, haç ve ulak gibi amaçlara hizmet eden yollar üzerinde de külliyeler inşa etmiştir.Bu külliyelere "Menzil Külliyeleri" denilmektedir.

Geçit yeri, tepe akarsu kenarı ve denize yakın şekilde konumlanan menzil külliyelerinin yapımına, 16.yy'da başlanmış 17.yy'da devam etmiştir.

Derbent (sınırlarda bulunan küçük kale) Teşkilatı ile bağlantılı bir menzil yeri olarak belirlenen Payas, çevreden aşiretler getirtilerek yeniden iskana açılmış, bu bağlamda, Sultan 2. Selim zamanında (1566-1574) Sadrazam Sokullu Mehmet Paşa ve İmparatorluğun imkanlarıyla sahile, iskele, gümrük, tersane ve kule, sahilden birkaç metre içeriye de yeniden inşa edilen kale ve kapsamlı bir külliye yapılarak gerek bölgesel bir merkez oluşturulması, gerekse deniz ve karayolunun güvenliğinin sağlanması istenmiştir.Yeni kurulmaya başlayan bu kentin nüfusunu arttırmak için de iskana tabi tutulan aşiretlere bazı vergi kolaylıkları sağlanmıştır.

Orijinal haliyle külliye, cami, hanikah(medrese), sıbyan mektebi, arasta(çarşı), dua kubbesi, han, tabhane(özel daireler şeklinde tasarlanmış mekanlar), imaret(yemek verilen yer), hamam, iki çeşme, köprü, hela ve servis mekanlarından oluşur.Genel hatlarıyla yaklaşık on beş dönümlük alanı kaplar.Yer seçiminde aşağıdaki faktörler rol oynar.Bunlardan birincisi, denize yakın bir konum tercih edilmesi, ikincisi ise Haçlılar dönemine ait harap bir kalenin yeniden değerlendirilmek istenmesidir.

Tasarımda ilk dikkati çeken özellik içinde tarihi yolun geçtiği kuzey-güney doğrultusunda külliyeyi ikiye bölen boyuna dikdörtgen planlı arastadır(çarşıdır).Dikey ekseni oluşturan bu hat, merkezde doğu batı ekseniyle kesişerek mimari bir öğe olan dua-kubbesi ile vurgulanır.Böylece külliyede ilk planda biri diğeri de, yatay olmak üzere iki eksenin varlığı ve kesişme yerlerinin farklılığı dikkat çeker.

İkinci önemli nokta, dikey eksenin külliye yapılarını iki ayrı gruba ayırmasıdır.Plan, tabhane ve imaretten oluşan iki blok, işlevleri ticari ve sosyal nitelik taşıyan yapıları bir yanda cami, hanikah, sıbyan mektebi ve hamamdan oluşan batı blok ise dini ve eğitim işlevli diğer yapıları ayrı yerde toplamaktadır.Böylece külliyede yaklaşık aynı işlevli yapılar yan yana ve ayrı yöne doğru inşa edilerek külliyenin tasarımına biçim verilmiştir.

Hamama batıdan bitişik olarak inşa edilerek diğer yapılara göre en zayıf bağlantıyı yansıtan sıbyan mektebinin konumu ise yolcular ve misafirler için değil Payas halkı için yaptırıldığından kaynaklanır.Han, arasta, imaret ve tabhaneler külliyede ana yapılar olarak öne çıkmakta;hamam, hanikah ikinci, cami ve sıbyan mektebi ise üçüncü dereceden yapı konumunda karşımıza çıkmaktadır

Külliyede, yöresel malzemeye uygun olarak kesme taş malzemeye ağırlık verilmiştir.Taşın diğer cinslerinin yanı sıra tuğla, ahşap, demir, kurşun ve alçı malzemelerde, değişen yer ve oranlarda karşımıza çıkmaktadır.

Kesme taş, yapıların cephelerinde ve beden(kale) duvarında, paye ve duvar ayaklarında, ocak ve duvar nişlerinde, iç avlu duvarlarında kaplama malzemesi olarak kullanılmıştır.Moloz taşa, dolgu malzemesi olarak çeşitli yapılarda rastlanır.En yoğun kullanımı harap durumundan dolayı köprüde karşımıza çıkar.

Mermer, beyaz.siyah ve kırmızı renk dokusu ile birlikte, alternatifli olarak almaşık düzende mihrapta, taçkapılarda, sadece beyaz mermer olarak kullanımı ise cami-hanikah avlusunun sütun ve başlıklarında, hamam döşemesi ve kurnalarında görülür.

Tuğla, kemerlerde, örtü sisteminde, pişmiş toprak ise su sisteminde kullanılmıştır.Demir, caminin alt seviye pencerelerinde ahşap malzemede de kapı ve pencere kanatlarında kullanım alanı bulmuştur.

Kurşun, camide, ana kubbe ve üst kat köşe odalarının kubbelerinde, hamamın soyunmalık kubbesi ile dua kubbesinin üzerinde kaplama olarak kullanılmıştır.Kervansaraya geçişte taçkapının ana bloktaşları arasında bağlayıcı olarak da kullanılmıştır.Külliye genel hatlarıyla son derece sade ve yalın tutulmuş, ancak vurgulanacak yerlerde bezemeye yer verilmiştir.Renkli taş süsleme dışında caminin son cemaat yeri sütun başlıklarında taş süslemeye rastlanır.